در بیشتر اوقات انتخاب مجله، آیین نگارش و قالب مقاله را تحت تاثیر قرار می‌دهد. هنگام انتخاب یک مجله، به پرسش‌های زیر دقت کنید: حیطه کاری و اهداف این مجله چیست؟ هر مجله اهداف و حیطه کاری (Scope) مختص خود دارد. مهم‌ترین معیار برای انتخاب مجله، هماهنگی موضوع مقاله با اهداف و حیطه کاری آن مجله می‌باشد. نمی‌توان مقاله پژوهشی را به مجله‌ای فرستاد که فقط مقالات مروری چاپ می‌کند. یا فرستادن یک مقاله تئوری به مجله‌ای که فقط مقالات کاربردی چاپ می‌کند درست نیست. در سایت مجلات در قسمت اهداف و حیطه کاری (Aims and Scopes)، حیطه علمی و کاری مجله نوشته شده است. هماهنگی موضوع مقاله با حیطه کاری مجله بسیار مهم است و لذا توصیه اکید می‌شود که از سایت مجله، قسمت «اهداف و حوزه کاری» را مطالعه و بررسی کنید. در صورتیکه مقاله به مجله‌ای ارسال شود که با حوزه کاری آن هماهنگی ندارد، پس از چند روز و حتی چندین هفته، پیغامی مبنی بر ناهماهنگی موضوع مقاله با حیطه کاری مجله (out of scope) از طرف مجله به نویسندگان ارسال می‌شود و مقاله بدون داوری، رد می‌شود. در این حالت بدون کسب نتیجه‌ای، چند هفته وقت تلف شده است. به همین منظور بهتر است که ابتدا مجلات مرتبط با موضوع مقاله انتخاب گردد.
از دیگر معیارهای مهم برای انتخاب مجله، ضریب تاثیر یا IF: Impact factor است. ضریب تاثیر برای یک مجله در سال 1955 توسط اوژن گارفیلد، بنیانگذار موسسه اطلاعات علمی (Institute for Scientific Information :ISI) مطرح شد. ضریب تاثیر ابتدا به صورت دستورالعملی در گزینش بهترین مجلات و نمایه‌های استنادی علوم (Scientific Citation Index:SCI) در موسسه اطلاعات علمی مورد استفاده قرار گرفت. ضرایب تاثیر نشریات نمایه شده در SCI در گزارش‌های استنادی نشریات (JCR: Journal Citation Report) هر سال در ماه ژوئن منتشر می‌شود. علاوه بر موسسه ISI، پایگاه استنادی علوم جهان اسلام (ISC) نیز به تعیین ضریب تاثیر نشریات جهان اسلام، به ویژه کشور ایران می‌پردازد. بنابراین در ایران و برخی از کشورهای اسلامی، علاوه بر ضریب تاثیر ISI به ضریب تاثیر ISC نیز بها داده می‌شود.
از معیارهای دیگر برای انتخاب مجله مناسب، هزینه مربوط به چاپ مقاله در مجله می‌باشد. اگر بخواهیم مقاله به صورت رایگان در اختیار همگان و بدون هیچگونه محدودیتی قرار گیرد که اصطلاحاً open access نامیده می‌شود باید هزینه چاپ مقاله (Publication fee) توسط نویسندگان پرداخت شود. در این حالت پس از پذیرش مقاله، در هنگام پر کردن فرم‌های مربوط به چاپ مقاله در آن مجله، گزینه open access را انتخاب می‌نمایید. هزینه چاپ مقاله در مجلات مختلف متفاوت است و معمولاً چند صد دلار می‌باشد. برخی از مجلات فقط مقالات را به صورت open access چاپ می‌کنند که این مجلات open access نامیده می‌شوند. بیشتر مجلات (Institute of Physics)IOP، open access هستند. در این حالت نویسندگان پس از پذیرفته شدن مقاله، می‌بایست هزینه چاپ مقاله را پرداخت کنند و گزینه دیگری وجود ندارد. از آنجا که اینگونه مقالات به صورت رایگان در اختیار همه قرار می‌گیرد، تعداد ارجاعات به آن‌ها نیز افزایش می‌یابد. به این معنی که افراد بیشتری از این مقاله استفاده می‌کنند و در مقاله خود ارجاع می‌دهند.
از دیگر معیارها برای انتخاب مجله، توانمندی علمی شورای سردبیری (Editorial Board) مجله می‌باشد. توانمندی و برجستگی علمی اعضای شورای سردبیری، باعث ارتقای سطح علمی مجله می‌شود و این خود در سرعت انتخاب داورها از طرف مجله و نیز داورهای متخصص و خبره به طور مستقیم موثر است. به عنوان مثال، مجله‌های معتبر که سردبیر و شورای سردبیری شناخته شده و قوی‌تری دارند، به سرعت برای مقاله ارسال شده داوران متخصص انتخاب می‌کنند و لذا فرآیند داوری مقالات سریع‌تر آغاز می‌شود. به این ترتیب تصمیم‌گیری در مورد مقاله در مدت زمان کمتری انجام خواهد شد.